Dưới thời của Pep Guardiola, Messi đã tham gia 11 trận chung kết, anh ghi được 15 bàn và chỉ hai lần cái tên "Messi" không xuất hiện trên bảng điện tử.
Cúp nhà vua (2008/2009) - 1 bàn: Khi tỉ số đang là 1 - 1, Messi đã giúp Barcelona vươn lên dẫn trước vào hiệp hai. Kết thúc trận đấu, đội bóng của Pep Guardiola giành chiến thắng 4 - 1 trước đối thủ Athletic Bilbao, mang về chiếc cúp đầu tiên của cú ăn ba lịch sử.